Claus y Lavie son dos mensajeros de vanship que viven en Norkia, Anatoray. Un día, participando en una importante carrera local, se cruzan con otro piloto y su aeronave que son perseguidos por una nave de Guild. El vanship cae y ellos acuden en su ayuda, momento en que el maltrecho piloto de la nave les pide que cumplan su misión porque él está malherido y morirá pronto. Ésta consiste en llevar a una misteriosa niña llamada Alvis Hamilton hasta unas coordenadas donde sería recogida por el Silvana, una nave de la flota imperial. Aunque perseguidos por la nave de Guild, consiguen llegar hasta el punto indicado y Alvis pasa a estar bajo la protección de Alex Rowe, el capitán de la temida nave. Ellos sin embargo deciden seguir al aerobuque para llevarle un peluche a la niña. Al verse inmersos en una batalla, Claus ayuda pilotando un vanship de guerra, y tras contar con la aprobación del capitán, se acabarán quedando en la nave.

El motivo por el que Alex desea tener bajo su control a Alvis es incierto a lo largo de la serie, aunque hay referencias veladas a que ella es la llave del Exile, una nave legendaria. Alex, por su parte, está embarcado en la búsqueda de algo denominado misteriones, que se suponen imprescindibles para despertar al Exile. Hasta el mismo final no se desvela que tanto estos como Alvis son necesarios para ese fin. En una de las expediciones de Alex para conseguir uno de los misteriones (que se revela que son fragmentos de un poema), Claus conoce a Dio Heraclea, príncipe de Guild, que decide seguirle hasta el Silvana para estar con él. De esta forma, Dio y su ayudante Lucciola pasan a estar prisioneros de Alex Rowe, aunque más adelante serán tratados como invitados.

La guerra entre Disith y Anatoray alcanza su punto álgido con la llegada de las naves migratorias del primero hacia el reino del que son los protagonistas. El emperador, sin embargo, decide atacarles, lo cual desencadenará un ataque a la capital, y dará lugar a la muerte del propio monarca. Para ocupar su puesto, la heredera al trono Sofía Forrester será coronada emperatriz, y firmará un tratado de paz con Disith para poder, con la fuerza conjunta de ambos, librarse del poder de Guild.

Alex, en cuyo poder están los cuatro misteriones, decide ir a la caza del Exile, junto a la nave Urbanus, y gracias a la ayuda de los de Disith, que habían captado previamente el patrón sonoro de sus máquinas en el Océano Turbulento. La operación, aunque bien realizada, se torna en derrota cuando el mismo Guild interfiere y el Maestro Delphine captura el Exile para sí misma. Además, se lleva presos a Alex, Claus y Alvis, así como a Dio y Lucciola, de vuelta al palacio de Guild. Dio es sometido a un brusco cambio psíquico, trámite ineludible para alcanzar la edad adulta dentro de su sociedad, que le priva de su alegría y espontaneidad anterior. Lucciola, viendo que desea lo mejor para él, permite que Claus escape con Alvis y un aún transtornado Dio, para después ir a atacar personalmente a Delphine, aunque sin éxito. Por su parte, ella no consigue lo que quiere, porque Alex, previsor, disponiendo de los cuatro misteriones no conocía uno de ellos, pues lo tenía escrito y guardado desde que lo consiguió: con ello, los trucos de Delphine para obligarle a decírselos son inútiles.

Claus y Alvis regresan al Silvana, donde Sofía, actuando como capitán, les ordena cruzar el Océano Turbulento para llegar hasta el Exile, que se encuentra en espacio aéreo de Disith, bajo una batalla entre las tres potencias, con los dos reinos coolaborando para derrotar a Guild. Una vez allí, Claus, al cual le habían entregado el último misterión, pasa a recitarlos junto a Alvis, que activa de nuevo al Exile y descubre su verdadera forma. Simultáneamente, Alex consigue, en la nave de Delphine, librarse de las drogas que le habían inoculado, y logra su meta, tomando así venganza contra ella por la muerte de sus amigos y su prometida Euris, 10 años atrás.

La activación del Exile disipa el Océano Turbulento, revelándose al espectador la verdadera forma de ese mundo: dos planetoides, uno para cada reino, dentro de una especie de atmosfera con forma de un reloj de arena, en cuyo centro se encontraba el océano, y las ahora destruidas naves de Guild. Este mundo, de nombre Prester, alcanza así una era de paz y obtiene la capacidad de comunicarse y viajar hasta el planeta madre, la Tierra, de donde partió la nave en el pasado.